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税金手続き

年末調整で住宅ローン控除を受ける手順【2026年版】2年目以降に会社へ出す書類

公開: 2026年10月26日
更新: 2026年10月26日
情報の確認日: 2026年10月26日

出典 5件・すべて公式ページで確認

年末調整で住宅ローン控除を受ける手順【2026年版】2年目以降に会社へ出す書類。年末調整で受けられるのは入居は2年目から

制作：お金の勉強！編集部／確認：編集長（2級ファイナンシャル・プランニング技能士）

この記事の結論

いつから: 年末調整の時までに会社へ出します⁠¹。書面の申告書は、入居2年目の10月下旬頃（証明書方式）か11月下旬頃（調書方式）に各年分がまとめて届き、電子交付なら毎年届きます⁠¹。
誰が: 入居した年の分を確定申告で受けた給与所得者で、2年目以降の人です⁠²。その年12月31日まで引き続き住んでいて、本人の合計所得金額が一定の金額以下であることが条件です⁠¹。
いくら: 令和4年以降に住宅を新築等して住み始めた人（令和4年中に住み始めた人の一部は、契約の時期によって別の扱い）は、住宅ローン等の年末残高等に0.7%を掛けた額です⁠³。控除限度額は、住宅の区分・住み始めた年・特例対象個人かどうかで違います⁠³。
何をする: 税務署から届いた申告書に記入し、会社の締切までに出します⁠¹。証明書方式の人は、金融機関から届いた年末残高等証明書を添えます⁠¹⁠³。

補足

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、最初の年分は確定申告が必要で、給与所得者は2年目以後の年分を年末調整で受けられます⁠²。
会社に出すのは「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」です⁠¹。証明書方式の人は、金融機関から届く年末残高等証明書も一緒に会社へ出します⁠¹⁠³。

住宅ローン控除は「1年目は確定申告、2年目から年末調整」

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、控除を受ける最初の年分は確定申告が必要です⁠²。給与所得者は、2年目以後の年分を年末調整で受けられます⁠²。2年目からは、毎年確定申告をしなくても、会社に申告書を出して受けられます⁠²。

住宅ローン控除の手続きの流れ⁠²⁠¹

令和4年以降に住宅を新築等して住み始めた人の控除額は、住宅ローン等の年末残高等に0.7%を掛けた額です⁠³。控除限度額は、住宅の区分（認定住宅、ZEH水準省エネ住宅など）、住み始めた年、特例対象個人かどうかで違います⁠³。令和3年までに住み始めた人と、一定の期間内に契約して令和4年中に住み始めた人などは、国税庁の別のページ（No.1212・No.1213）の扱いになります⁠³。ここでいう新築等は、住宅の新築と、建築後使用されたことのない住宅の取得です⁠³。

会社に出す書類

年末調整で会社に出すのは「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」です⁠¹。一緒に出すものは、借りている金融機関が「調書方式」か「証明書方式」かで違います⁠¹。調書方式で控除を受けるには、最初の年に、借入先の金融機関へマイナンバーなどを書いた「住宅ローン控除の適用申請書」を出しておく必要があります⁠²。

方式	中身	会社に出すもの
調書方式	金融機関が税務署に年末残高等調書を出し、国税当局から本人に年末残高の情報が届く方式⁠²	住宅借入金等特別控除申告書⁠²
証明書方式（従来の方式）	本人が金融機関から年末残高等証明書を受け取り、確定申告か年末調整のときに税務署か勤務先に出す方式⁠¹	住宅借入金等特別控除申告書と、年末残高等証明書⁠¹⁠³

申告書が届く時期

申告書は、控除を受ける各年分のものが税務署から本人に届きます⁠¹。書面の場合は入居2年目にまとめて届くので、3年目以降の分も保管します。

受け取り方	調書方式	証明書方式
電子交付（e-Taxのメッセージボックス）	毎年11月中旬頃⁠¹	毎年10月頃⁠¹
書面交付（郵送）	入居2年目の11月下旬頃に各年分をまとめて⁠¹	入居2年目の10月下旬頃に各年分をまとめて⁠¹

最初の年の確定申告を出した日などによって、届く時期が違う場合があります⁠¹。調書方式で電子交付を受けた人が会社に書面で出す必要があるときは、国税庁の「QRコード付証明書作成システム」で書面に出力します⁠²。

申告書を書いて出す

届いた申告書を確かめる
その年分の申告書を取り出します。書面の人は、まとめて届いた各年分の中から、その年の分を選びます⁠¹。
控除を受けられるか確かめる
その年の12月31日まで引き続き住んでいるか、本人の合計所得金額が一定の金額以下かを確かめます⁠¹。令和4年以降に住宅を新築等して住み始めた人の上限は、2,000万円です（特例居住用家屋・特例認定住宅等は1,000万円）⁠³。
残高と控除額を書く
記載のしかたは、国税庁の記載例で確かめます⁠¹。連帯債務や借換えがある人は、控除額の計算に気をつけます⁠¹。
会社の締切までに出す
年末調整の時までに会社へ出します⁠¹。証明書方式の人は、年末残高等証明書も添えます⁠¹⁠³。

あなたの場合

あなたの状況	次にやること
入居した年の確定申告がまだ	最初の年分は確定申告をしないと控除を受けられません⁠²。年末調整で受けられるのは、その次の年分からです⁠²。
申告書をなくした	納税地（原則として住所地）の税務署に「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を出すと、再交付を受けられます⁠⁴。
残高証明書が年末調整に間に合わない	確定申告で控除を受けられます⁠⁴。翌年1月31日までに証明書が届いたら、会社に出して年末調整を計算し直してもらうこともできます⁠⁴。
2か所から給与をもらっている	主な給与の年末調整で控除しきれなかった分は、確定申告で控除できる場合があります⁠⁴。

やらなくていいこと

×毎年、確定申告をし直す
給与所得者は、2年目以後の年分を年末調整で受けられます⁠²。
×調書方式なのに残高証明書を取り寄せる
調書方式では、金融機関が税務署に年末残高等調書を出し、年末残高の情報は国税当局から本人に届きます⁠²。

なくした・間に合わないとき

金融機関の年末残高等証明書が会社の締切までに届かないときは、確定申告で控除を受けられます⁠⁴。翌年1月31日までに届いたときは、その証明書を会社に出して年末調整を計算し直してもらうこともできます⁠⁴。

2年目以降を年末調整でなく確定申告で受けるときに添えるものは、次のとおりです。調書方式の人は、届いた控除証明書のデータや書面を添えます⁠²。No.1211-1 は、2年目以後に確定申告で受けるときは「住宅借入金等特別控除額の計算明細書」と「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」を添付すると説明しています⁠³。

よくある質問

年末調整の申告書をいつまでに出せばいいか

年末調整の時までに会社へ出します⁠¹。会社が決める社内の締切が先に来るので、会社の案内を確かめます。年末調整の期限の考え方は年末調整はいつまで？で整理しています。

転職したら、新しい会社に出せばいいか

年の中途で就職した人も、年末まで勤めていれば、その会社の年末調整の対象になります⁠⁵。住宅ローン控除の申告書は、年末調整の時までに給与の支払者に出すものなので⁠¹、年末調整をする新しい会社に出します。

ほかの申告書との関係は

年末調整では、扶養控除等申告書・基礎控除申告書・保険料控除申告書などと並んで、住宅借入金等特別控除申告書を出します⁠¹。年末調整で出す書類の全体は年末調整の書き方にまとめています。

まとめ

最初の年分は確定申告、給与所得者は2年目以後の年分を年末調整で受けられる⁠²。
会社に出すのは「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」。証明書方式の人は年末残高等証明書も添える⁠¹⁠³。
書面の申告書は入居2年目に各年分がまとめて届く⁠¹。
なくしたら税務署で再交付、証明書が間に合わなければ確定申告か、翌年1月31日までの再計算⁠⁴。

出典（公式ページで確認済み）

本文の小さな番号は、下の出典に対応しています。いずれも公式ページを開いて確認しました。

省庁国税庁「給与所得者（従業員）の方へ（令和8年分）」確認日 2026年10月26日／確認した内容：住宅借入金等特別控除は、最初の年分は確定申告で、2年目以降は年末調整で受けられるので、年末調整の時までに住宅借入金等特別控除申告書を給与の支払者へ提出する。申告書は控除を受ける各年分のものを税務署から本人に交付。電子交付は調書方式が毎年11月中旬頃、証明書方式が毎年10月頃にe-Taxメッセージボックスへ格納。書面交付は調書方式が入居2年目の11月下旬頃、証明書方式が入居2年目の10月下旬頃に各年分を一括送付（最初の年の確定申告の提出日等で時期が異なる場合がある）。紛失時はA1-40の交付申請手続。記載のポイント：本年12月31日まで引き続き居住しているか、本人の合計所得金額は一定の金額以下か（超えると控除を受けられない）、連帯債務・借換えの控除額を正しく計算しているか
省庁国税庁「タックスアンサー No.1230 調書方式による住宅借入金等特別控除」確認日 2026年10月26日／確認した内容：令和4年度税制改正で、年末残高等証明書を使う「証明書方式」から、金融機関等が税務署に年末残高等調書を出し国税当局から納税者に年末残高等情報を提供する「調書方式」に改正。調書方式に対応した金融機関からの借入れについて控除を受けるには、借入先の金融機関にマイナンバー等を記載した「住宅ローン控除の適用申請書」を提出する。控除を受ける最初の年分は確定申告が必要で、給与所得者は2年目以後の年分を年末調整で受けられる。年末調整では給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書のデータ（または書面）を勤務先等に提出する。調書方式では原則として控除証明書や控除申告書に年末残高金額や控除見込額が記載されている（記載がない場合は返済計画表等で確認）。控除証明書は、電子交付なら毎年11月中旬ごろe-Taxのメッセージボックスに格納、書面交付なら入居2年目の11月下旬ごろに2年目以降の分がまとめて郵送。書面の年末残高に関する事項は入居2年目の年分の控除証明書にだけ記載され、3年目以降は返済計画表等で控除額を計算する。勤務先に書面で出す必要がある場合は「QRコード付証明書作成システム」で書面出力する。2年目以降に確定申告で受ける場合は控除証明書を添付
省庁国税庁「タックスアンサー No.1211-1 住宅の新築等をし、令和4年以降に居住の用に供した場合（住宅借入金等特別控除）」確認日 2026年10月26日／確認した内容：このコードは住宅を新築等した場合の説明。令和4年1月1日から令和12年12月31日までに居住した場合、各年の控除額は年末残高等×0.7%（控除限度額は住宅の区分と居住年で異なり、特例対象個人は上乗せがある）。令和3年12月31日までに居住した場合と、一定の期間内に契約を締結し令和3年1月1日から令和4年12月31日までに居住した場合はコード1212・1213を参照。新築等は、住宅を新築または建築後使用されたことのないものの取得。要件：その年の12月31日まで引き続き居住、床面積50平方メートル以上なら合計所得金額2,000万円以下、特例居住用家屋または特例認定住宅等（床面積40平方メートル以上50平方メートル未満）なら1,000万円以下。給与所得者は2年目以後の年分を年末調整で受けられ、税務署から送付される「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」と「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」を勤務先に提出する。2年目以後を確定申告で受ける場合は、確定申告書に住宅借入金等特別控除額の計算明細書のほか年末残高等証明書を添付する／住宅借入金等特別控除の控除率（年末残高等に掛ける率） 0.7%（令和4年1月1日から令和12年12月31日までに居住した場合（新築等））／住宅借入金等特別控除を受けられる合計所得金額の上限（床面積50平方メートル以上） 2,000万円（令和4年1月1日から令和12年12月31日までに居住した場合（新築等））／住宅借入金等特別控除を受けられる合計所得金額の上限（床面積40平方メートル以上50平方メートル未満） 1,000万円（令和4年1月1日から令和12年12月31日までに居住した場合（新築等）。特例居住用家屋・特例認定住宅等）
省庁国税庁「住宅を新築又は新築住宅を取得した場合(住宅借入金等特別控除)」確認日 2026年10月26日／確認した内容：Q4：確定申告で控除を受けた年の翌年以後の年分の住宅借入金等特別控除申告書と控除証明書は、確定申告をした年の10月頃に税務署から送付。Q5：申告書を紛失したら納税地の所轄税務署長に「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を出して再交付を受けられる（代理人は委任状と本人確認書類）。Q6：2か所から給与を受けている人が主たる給与の年末調整で控除しきれなかった場合、確定申告で控除不足額を控除できる場合がある。Q7：年末残高等証明書が年末調整の提出期限までに交付されない場合は確定申告で控除を受けられ、翌年1月31日までに交付を受けたらその証明書を給与の支払者に出して年末調整の再計算を受けることもできる
省庁国税庁「タックスアンサー No.2665 年末調整の対象となる人」確認日 2026年10月26日／確認した内容：12月に行う年末調整の対象は、会社などに1年を通じて勤務している人や、年の中途で就職し年末まで勤務している人。1年間に支払うべきことが確定した給与の総額が2,000万円を超える人などは除く

この記事をつくった人

制作: お金の勉強！編集部日本企業情報株式会社内に編成
確認: 編集長（2級ファイナンシャル・プランニング技能士）実績：新聞のコラム執筆／教育費の相談／高等学校の学校説明会／各種講演会
確認日: 一次確認 2026年10月27日／最終確認 2026年10月27日

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